重慶醫科大學附屬兒童醫院于1956年由上海醫學院兒科系遷渝創建，是集醫教研為一體的國家三級甲等綜合性兒童醫院，國家臨床醫學研究中心。最早被國家授予兒科學碩士、博士學位授予點、博士后流動站，是首批兒科學國家重點學科、教育部重點實驗室、國家級國際科技合作示范基地、國家級繼續醫學教育基地、國家級教學團隊、國家精品課程、國家食品藥品監督管理局藥物臨床試驗機構、兒科唯一的全國住院醫師規范化培訓示范基地、國家級兒童早期發展示范基地、兒科唯一獲得肝移植資質的兒童醫院。國家干細胞臨床研究備案機構、重慶市兒科臨床醫學研究中心；擁有5個重慶市重點實驗室和1個重慶市干細胞治療工程中心,全國文明單位。在全國最佳醫院排行榜中位居全國兒童醫院第三位，兒內科綜合排名居全國兒童醫院第二位，兒外科居第三位，科研產出居第一位。近十二年中我院科研綜合指數、學術期刊發文量居全國兒童醫院第一位；2018年中國醫院科技量值(SETM)排名中，我院綜合居全國兒童醫院第二位。
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重慶市婦幼保健院（重慶市婦產科醫院、重慶市遺傳與生殖研究所）創建于1944年，是一所集臨床醫療、婦幼保健、科研教學為一體的三級甲等婦幼保健院。截至2019年12月底，全院在職職工1634人，其中衛生專業技術人員1234人，高級職稱114人，博士27人，享受國務院特殊津貼專家1人，白求恩獎章獲得者1人，重慶市首席醫學專家1人，重慶市中青年醫學高端人才2人，重慶市學術技術帶頭人1人，重慶市學術技術帶頭人后備人選1人。2019年，醫院門診服務量187.17萬人次，住院服務量4.4萬人次，活產數18887例，試管嬰兒移植周期17768例。
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重慶醫科大學附屬永川醫院（重慶市第二人民醫院、重慶醫科大學第五臨床學院）是一所集醫療、急救、預防保健、康復、教學和科研為一體的國家三級甲等綜合性醫大附屬醫院。是國家衛生健康委員會認定的國際緊急救援中心網絡醫院、重慶市規劃的區域性醫療中心，重慶市急救醫療中心永川分中心，醫保跨省異地就醫聯網即時結算定點醫療機構。是國家衛生健康委住院醫師、臨床藥師規范化培訓基地、國家藥物臨床試驗機構、中國胸痛中心、國家高級卒中中心、重慶市護士規范化培訓基地、重慶市醫師資格考試實踐技能考試基地、重慶市首批住院醫師規范化培訓結業考核技能考核基地。醫療服務輻射渝西及周邊地區約1000萬人口。
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我院史建于1896年，是一所擁有百余年悠久歷史的老院。百余年來，我院歷經了滄桑巨變。百余年的風雨兼程，我院已從當初的幾十張床位發展到現有著編制床位800張的集醫療、教學、科研和預防保健為一體的國家三級甲等綜合性醫院。2018年8月13日重慶市第五人民醫院掛牌為中國科學院大學直屬附屬醫院——中國科學院大學重慶仁濟醫院。作為國科大直屬附屬醫院，醫院將把國家在醫療衛生領域的重大需求與國科大臨床醫學院醫學人才培養宗旨有機結合，促進醫教研的全面飛速發展。
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重慶市精神衛生中心(西南大學附屬心理醫院)是一所集醫療、教學、科研、預防、康復、公共衛生六位一體的國家三級專科醫院，隸屬重慶市衛生健康委員會。中心歷史悠久，于2000年由原重慶市第一精神病醫院（歌樂山，1953年成立）和重慶市第二精神病醫院（金紫山，1958年成立）合并而成。現轄金紫山院區、歌樂山院區、重慶市醫學心理咨詢中心。
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重慶大學附屬腫瘤醫院、重慶市腫瘤醫院、重慶市腫瘤研究所、重慶市癌癥中心是集醫療、教學、科研、預防、康復為一體的國家三級甲等腫瘤專科醫院，牽頭重慶市腫瘤防治和技術研究、培訓腫瘤專科人才。是國家腫瘤藥物臨床試驗機構、重慶市腫瘤臨床醫學研究中心、重慶市腫瘤醫療質量控制中心、重慶市腫瘤放射治療質量控制中心；是重慶市腫瘤防治辦公室掛靠單位、重慶市醫療保險惡性腫瘤特殊疾病確認與辦理唯一市級單位。
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重慶市急救醫療中心、重慶市第四人民醫院、重慶大學附屬中心醫院始建于1939年，前身為“中正醫院”， 1950年更名為西南工業部第一工人醫院，1954年更名為重慶市第一工人醫院，1984年更名為重慶市第四人民醫院，1988年3月依托重慶市第四人民醫院合并原重慶市急救站，組建了重慶市急救醫療中心、重慶市第四人民醫院，1995年獲批國家三級甲等綜合醫院，2003年成立重慶市急救醫學研究所，2017年10月成為重慶大學附屬中心醫院，是一套班子，三塊牌子，集急救、醫療、科研、教學、預防為一體的現代化大型三級甲等綜合醫院，醫院面向社會提供綜合醫療服務，同時履行重慶市政府公共衛生救援職能及主城八區120指揮調度和日常急救職能。是國際緊急救援組織網絡醫院及國家（重慶）緊急醫學救援隊先遣隊所在醫院、重慶市首批智慧醫院、重慶醫科大學臨床實習基地、重慶市首批住院醫師規范化培訓基地、國家住院醫師規范化培訓綜合基地、國家臨床藥師培訓基地、國家級嚴重創傷規范化救治培訓基地、國家級胸痛中心、國家高級卒中中心、中國創傷救治聯盟醫院、重慶市航空救援聯盟、重慶市急診急救聯盟、重慶創傷救治聯盟牽頭單位、市級創傷中心、胸痛中心。
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重醫大附三院，坐落于重慶市渝北區（國家臨空經濟示范區）黃金位置，緊鄰重慶江北國際機場和多條高速公路、輕軌干線等交通樞紐。醫院規劃占地近200畝，建筑面積約15萬平方米，編制床位1350張。設有層流手術室20間、中心ICU病床40張、血液透析中心床位130張。作為區域性醫療中心，服務輻射人口180余萬。
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重慶醫科大學附屬第二醫院，前身為始建于1892年的重慶“寬仁醫院”，是一所橫跨三個世紀的百年老院。經過一百多年的發展，醫院逐步形成了“關懷、專注、創新”的辦院理念，是集醫療、教學、科研、預防保健為一體的國家三級甲等醫院。
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重慶大學醫院為校直屬單位，歷經80多年建設和發展及幾代重大醫院人的不懈努力，由醫務室、衛生科發展成為一所集醫療、康復、預防保健、健康教育為一體的二級綜合醫院。醫院是重慶市第一批醫保定點醫院，重慶市高校保健醫學研究會理事長單位。有A、B、C和虎溪四個校區分院,承擔校內5萬余師生員工醫療服務，以及學校家屬和周邊數萬社區居民的醫療保健服務工作。
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